建物棟の下は本来「盛り土」が入っているはずなのだが、実際は空洞になっていて、その変更について具体的に誰が指示を出したのかがよくわからない状態になっているのだ。2010年11月、設計業者募集の際は「地下空間」に関する文言はなかったが、2011年6月の基本設計終了時には地下部分が「空間」になっていた。しかし、都のHPでは「盛り土」があることになっていた。
築地からの移転を決めた元東京都知事の石原慎太郎氏も「地下空間」を知らなかった１人で、同氏は地下にコンクリートの箱を並べる設計案を提案したとされるが、「私は下から聞いたことを皆さんに言っただけ」と指示を一旦否定。また、当時の移転責任者である比留間英人市場長は「石原さんが検討した方がいいといった。私から提案したことはない」とこれまた否定。結局、コンクリートの箱を並べる案は採用されず、盛り土もされず、空洞になってしまった。
記者から「謎の地下空間はどうして施行を決めたのですか？」と聞かれ、石原氏は「おそらくゼネコンが儲かるんでしょう」と言い、さらには「東京都は『伏魔殿』だね」と述べた。その後、石原氏は記者団に対し、以下の回答を述べた。そしてこの時、質問は受けないと宣言していた。
「私の側近に兵藤という男（元特別秘書）がいます。彼が詳細に覚えてましてね。それを確かめたんですけどね、私がある専門委員から聞いて『こんな話（コンクリートの箱）があるよ』と聞きました。その後、副知事含めた特別職・幹部との昼飯会の時、『専門家からこういう話があるので考えた方がいいのでは？』と話がありました。その後、なんの報告もないまま、コンクリートの箱を作ることになりました。私は聞いてない。水漏れしてるんでしょ？ そんなことは聞いてない。比留間さんの後の市場長が近々説明しますよ。なんの報告も受けていないうちにああいうものが起きました」
今回、日本共産党東京都議団がまず調査をした結果、「謎のアルカリ水」が検出され、その後マスコミにも取材の場を設けたところ、「空洞」には大量の水が発生していることが明らかに。
これに対し、17日に放送された『みのもんたのよるバズ！』（AbemaTV）で番組MCのみのもんた氏は立腹。
「僕だったら取り壊しますね。更地にしますよね。ここまで進んで東京都議会が知らなかったでしょ、というわけにはいかない。どの部署の方々がこの設計図を認めたの？ おかしな話でしょ？ （世界でも名だたる）東京都だよ。この東京都が考えて考え尽くして安全基準を考えたのに、やってたの、やってなかったのという問題がいま起きるというのが信じられない」
このように述べ、巨大予算を持ち、多くの人々の食の安全を守る立場にある東京都の意思決定方法や、情報の風通しの悪さと当事者意識の無さに呆れていた。
