豊洲市場移転に関し、様々な問題が噴出している。
建物棟の下は本来「盛り土」が入っているはずなのだが、実際は空洞になっていて、その変更について具体的に誰が指示を出したのかがよくわからない状態になっているのだ。2010年11月、設計業者募集の際は「地下空間」に関する文言はなかったが、2011年6月の基本設計終了時には地下部分が「空間」になっていた。しかし、都のHPでは「盛り土」があることになっていた。
築地からの移転を決めた元東京都知事の石原慎太郎氏も「地下空間」を知らなかった1人で、同氏は地下にコンクリートの箱を並べる設計案を提案したとされるが、「私は下から聞いたことを皆さんに言っただけ」と指示を一旦否定。また、当時の移転責任者である比留間英人市場長は「石原さんが検討した方がいいといった。私から提案したことはない」とこれまた否定。結局、コンクリートの箱を並べる案は採用されず、盛り土もされず、空洞になってしまった。