シリーズ累計5,700万部を突破した『薬屋のひとりごと』の完全新作小説『小説 薬屋のひとりごと 亡妃の秘宝』が、12月9日（水）に発売されることが決定した。アニメ第2期と第3期の間を描く新エピソードの書籍化に、ファンの間で注目が集まっている。
本作は、原作者の日向夏氏が劇場用に書き下ろしたプロットをもとに執筆された新作小説。12月11日（金）に公開される『劇場版 薬屋のひとりごと 亡妃の秘宝』には収まりきらなかったエピソードも収録されている。物語は、5年前に亡くなった妃の「故郷へ帰りたい」という願いを叶えるため、水上都市を訪れた猫猫と壬氏が新たな事件に巻き込まれていく姿を描く。
巻末には、原作小説のイラストおよび劇場版のキャラクター原案を担当するしのとうこ氏による、オリジナルキャラクターのデザインイラストや制作コメントも掲載。また、小説の初版本には劇場版のキービジュアルを使用した特製の幅広帯が付属する。
さらに、小説発売と同日の12月9日（水）より「サンデーうぇぶり」にて『漫画 薬屋のひとりごと 亡妃の秘宝』の連載がスタートする。日向氏の書き下ろしプロットを軸に、小説・漫画・映画の3媒体で同時に物語が展開される予定だ。
この発表に対し、SNS上では「小説版で情報補完したら二度美味しいな！」「原作もコミカライズもアニメもみてて、いつの間にか沼の住人」「原作者が小説版を書き下ろしたということは、これはアニオリじゃなくて正史扱いなんやな」「「宦官の真似事が終わった以上」という言い方が容赦ないですね…。壬氏がもう自分の立場から逃れられないような緊張感があって、この一言だけで引き込まれます」といった声が寄せられている。また、日向氏が引用リツイートで「元々、脚本のために四万字くらい書いたと言っていたが嘘だった。七万字書いてたわ。というわけで元のプロットをもとに映画で減らした部分もいれて小説にしております。」と明かしている。
『小説 薬屋のひとりごと 亡妃の秘宝』あらすじアニメ『薬屋のひとりごと』放送回一覧（動画リンクつき）
| 話数 | サブタイトル（タップで動画へ） | 見どころ |
|---|---|---|
| 1 | 猫猫 | 猫猫の正義感が幼子を救う |
| 2 | 無愛想な薬師 | 媚薬の出来はバッチリ!? |
| 3 | 幽霊騒動 | 奇行の裏の真実に気づく猫猫 |
| 4 | 恫喝 | ガチギレ猫猫のマジビンタ！ |
| 5 | 暗躍 | そばかすを落とした猫猫の顔 |
| 6 | 園遊会 | 「これ、毒です」猫猫が本領発揮 |
| 7 | 里帰り | 高順の前で素が出てしまう壬氏 |
| 8 | 麦稈 | 「一夜の対価」に壬氏、硬直 |
| 9 | 自殺か他殺か | 猫猫の死生観、壬氏の懊悩 |
| 10 | 蜂蜜 | 変態に追い詰められる猫猫 |
| 11 | 二つを一つに | 阿多妃の過去が明らかに |
| 12 | 宦官と妓女 | 猫猫、指先だけならお触りOK |
| 13 | 外廷勤務 | 官女とのドロドロバトル |
| 14 | 新しい淑妃 | 「女の園の秘術」を教授 |
| 15 | 膾 | 曲者な軍師・羅漢が来た！ |
| 16 | 鉛 | 鍵の開かないタンスの謎 |
| 17 | 街歩き | 妓女の価値を下げる方法 |
| 18 | 羅漢 | 猫猫と羅漢の関係が明らかに |
| 19 | 偶然か必然か | 命を守るため、猫猫が走る |
| 20 | 曼荼羅華 | 壬氏が飲む薬の効果 |
| 21 | 身請け作戦 | 隙あらば嫉妬する壬氏 |
| 22 | 青い薔薇 | 羅漢の目に映る人々 |
| 23 | 鳳仙花と片喰 | 妓女・鳳仙と羅漢の悲恋 |
| 24 | 壬氏と猫猫 | 壬氏の頭突きを食らう猫猫 |
| 25 | 猫猫と毛毛 | 壬氏、恍惚の表情でネコ吸い |
| 26 | 隊商 | 小蘭、猫猫にムニムニほおずり |
| 27 | 冬人夏草 | 亡くなった中級妃と毒きのこの謎 |
| 28 | 鏡 | 絶世の美女の正体はまさかのやり手婆 |
| 29 | 月精 | 闇に浮かび上がった“美女”壬氏 |
| 30 | みたび、水晶宮 | 梨花妃のビンタに深い理由 |
| 31 | 選択の廟 | 皇帝の爆弾発言に焦る壬氏 |
| 32 | 皇太后 | 皇太后の“呪い”発言が怖すぎる |
| 33 | 先帝 | 高順にあやされるギャン泣き幼少壬氏 |
| 34 | 怪談 | 本気のガチホラー回 |
| 35 | 狩り | 猫猫と壬氏、襲撃からのずぶ濡れ急接近 |
| 36 | 華瑞月 | 壬氏に壬氏の壬氏があった |
| 37 | 湯殿 | 猫猫たちの楽しいお風呂回 |
| 38 | 踊る幽霊 | 壬氏が「猫猫」と呼ぶ |
| 39 | 氷菓 | 壬氏、猫猫に顎クイ |
| 40 | 巣食う悪意 | 生きていた翠苓 |
| 41 | 狐の里 | 猫猫の名推理に子翠は爆笑 |
| 42 | 鬼灯 | 激おこ壬氏 |
| 43 | 祭り | 猫猫の超オタク早口 |
| 44 | 砦 | 楼蘭妃の正体が判明 |
| 45 | 蟇盆 | たくましすぎる猫猫 |
| 46 | 禁軍 | 猫猫と壬氏、久々の再会 |
| 47 | 子の一族 | 若い頃の子昌＆神美がエモい |
| 48 | はじまり | 猫猫と壬氏、それぞれの立場に |
| 49 | 蝗(いなご) | ガラが悪い花街での猫猫 |
| 50 | 火鼠の皮衣 | 久しぶり！猫猫の謎解き |
| 51 | 麺麭がなければ | そりゃ猫猫も悪どい顔になってしまう |
